En 1982, alors que les premiers soubresauts de la mode des nouveaux animaux de compagnie se manifestent, le conservateur du musée ouvre un petit vivarium où seront présentés quelques reptiles vivants. La complémentarité entre animaux naturalisés et vivants séduit le public.
Début des années 2000, grâce à des fonds européens, le vivarium s’agrandit et devient un véritable pôle d’attraction du muséum qui devient dès lors, un petit parc zoologique qui adhère à l’Association Européenne des Zoos et Aquariums (E.A.Z.A.). Les espèces sont alors soigneusement choisies, tantôt pour contribuer à un effort conjoint de sauvegarde d’espèces menacées, tantôt comme illustrations vivantes de thématiques biologiques que le service pédagogique s’emploie à expliquer aux nombreuses classes qui fréquentent l’institution. On y croise donc aussi bien des boas de la Jamaïque en danger d’extinction et dont le muséum coordonne le programme de sauvegarde au niveau européen que les mystérieux périophtalmes, petits poissons capables de rester plusieurs minutes hors de l’eau sans suffoquer.
Au final, ce sont une soixantaine d’espèces de reptiles, de poissons, d’amphibiens et d’invertébrés qui peuplent les enclos du vivarium. Depuis 2019, le public a aussi l’opportunité de découvrir une faune plus locale dans le jardin aménagé où trône également une serre à papillons exotiques